この町は、1496年にコンキスタドールのアロンソ・フェルナンデス・デ・ルーゴによって建設された。この町は1823年までテネリフェ島
の最初の主都としての地位にあった。1510年からはラ・ラグーナはテネリフェ島のみでなく地方全体にとっても政治的・学問的な中心地
となった。1701年にはローマ教皇クレメンス11世の要請で、カナリア諸島初の大学（ラ・ラグーナ大学）も開学した。
サンタ・クルス・デ・テネリフェが主都となることで行政上の中心地としての地位を手放したにもかかわらず、今日でもなおテネリフェ島
の宗教的・文化的な中心地であり続けている。